第一单元 毁灭罪证
展馆的最后一部分，介绍的是七三一部队走向灭亡、毁灭罪证、溃逃及战后相关问题。
第一组 焚毁资料
1945年8月9日零点，苏联向关东军发起了全面进攻。日军战败已成定局，为了保守七三一部队的秘密，关东军司令部按上级指示签署了七三一部队毁证撤退的命令；次日，又派专人向石井四郎传达了东京的命令。
8月10日晚，七三一部队召开了紧急会议。下达了撤退的命令，并提出三点要求：
1、烧毁资料2、炸毁设施3．杀死人证
1945年8月10日开始，七三一部队全营区实行了戒严，全体官兵秘密地投入了毁灭证据的活动，将大量实验资料和各种仪器投入锅炉内烧掉。
第二组 毒杀“马路大”
七三一部队在焚毁资料的同时，将监狱里关押的四百多名被实验者用毒气杀死，然后置于大坑中焚烧，由于数量太大，一时无法烧透，便将尸体装进麻袋，投入松花江中。
第三组 炸毁设施
8月13至14日，七三一部队对四方楼、特设监狱等主要建筑实施炸毁。由于四方楼和特设监狱是用特殊钢材和近50厘米厚的钢筋水泥建成，很难将其炸毁。最后派工兵在多处装置炸药进行爆破。引爆后，火光冲天，黑烟滚滚，爆破声震耳欲聋，四方楼被彻底炸毁了。
第二单元 七三一部队溃逃
第一组 石井训令
石井四郎在撤退时，对七三一队员下了封口令：
1.不准暴露七三一部队成员身份；
2.不得担任一切公职；
3.严禁部队成员相互联络。
要求所有队员将七三一部队的秘密要带入坟墓。
第二组 溃逃回国
为保证七三一部队全员撤离，关东军特批了十几个专列，保证这些列车优先通过。8月11日，七三一队员乘坐特别列车从哈尔滨出发，经由通化、丹东、釜山，最后坐船逃回日本。8月13日，石井四郎等高层官员携带核心资料乘坐专机回到日本。这是关东军唯一整建制撤离回国的部队。
第三单元 日美交易
第一组 美国秘密调查
七三一队员采取隐姓埋名的方式，企图逃脱战争审判。石井四郎甚至还为自己举行了假葬礼。美国为获得七三一部队的研究成果，派出多人对日本细菌战进行了秘密调查，同石井四郎、北野政次等至少25名七三一队员进行了秘密接触与询问，最终美国得到了有关细菌实验及细菌战的相关材料。2001年、2007年美国国家档案馆分批解密了十万页日本侵华罪行档案，其中三千页是有关七三一部队进行人体实验的报告书。在墙上看到的是关于人体感染细菌的报告书。这些资料再次证实了七三一部队在中国进行人体实验和细菌战的战争罪行。
第二组美国庇护细菌战犯
拿到这些宝贵资料后，美国当局从美国安全保障的立场出发，隐瞒了石井四郎及手下细菌战犯的罪行，使他们全部免于战争的审判。
第四单元 细菌战犯审判
由于日军在侵华战争中研制、使用细菌武器，苏联和中国先后在伯力（哈巴罗夫斯克）、沈阳等地对部分日本细菌战犯进行了公开审判。
第一组 伯力审判
1949年末，苏联把12名与七三一部队有关人员提交伯力军事法庭。经审判，山田乙三等12人被判处徒刑。
第二组 沈阳审判
1956年在沈阳对28名日本战犯公开审判。其中有七三一部队重要成员，林口第一六二支队支队长榊原秀夫。他被判处了有期徒刑13年。
第五单元 细菌战贻害
日本侵华期间，以七三一部队为核心的侵华日军细菌战部队给中国人民带来了深重的灾难，贻害无穷。同时，给特别移送受害者的遗属，带来了精神和心灵的双重打击。
第一组 身心痛苦
图片上看到的这些受害者，他们的身体因感染炭疽菌而发生溃烂，许多人因此失去生命，而一部分侥幸活下来的人，却因无法治愈，一生都忍受着伤口溃烂的折磨，而这里看到的仅仅是众多受害者的一部分。
第二组 精神伤害
这里看到的是被特别移送受害者遗属的证言和视频。亲人被特别移送后，他们不知道亲人去了何方，也不知道他们是生是死，直到研究学者发现了特别移送档案，他们才知道，自己已经永远失去了亲人。七三一部队违反人道主义的人体实验，不但把受害者残害致死，更对受害者遗属造成了重大的精神伤害。
第六单元 忏悔与谢罪
第一组 加害者的忏悔
七三一部队成员曾是人体实验和细菌战的实施者和见证人，经过多年的回避与沉默后，部分有良知的老兵勇敢的站出来讲述自己的亲身经历，来自加害者的证言和忏悔更加真实地还原历史真相、更加深刻地揭露了七三一部队的罪行。
原队员石桥直方负责对监狱的管理，亲眼看到过活体解剖，并参加过宁波细菌战，经过多年的沉默之后，毅然站出来揭露七三一部队罪行。1987年6月，他专程来到我馆，手绘了七三一部队特设监狱结构图，并留下了忏悔书。
胡桃泽正邦是七三一部队人体解剖技师，曾亲自解剖了许多马路大。作为证据，他把自己当年使用的手术器械展示出来。
越定男曾经是石井四郎的司机。据他证实：七三一部队几乎每天都从吉林街联络站运送“马路大”。每辆“特别囚车”都配有十副牌照，为了掩人耳目，每次出入都换成不同的，这是越定男绘制的“特别囚车”样图。
七三一部队溃逃时将“马路大”弃尸松花江。铃木进作为运输班队员承担了运输的任务，1985年，铃木进专程来到当年投尸的地方，进行忏悔。
七三一部队撤回日本后，石井四郎组织了“房友会”，目的是约束各队员严守秘密。很多队员受到石井四郎的压力，都秘密地隐居起来。当年的昆虫班队员神谷实也和其他大多数队员一样，默然地度过了他的后半生。但他在临终前，还是倾吐了他的心病，揭露了一部分七三一部队的真相，由他的儿子神谷则明将其公之于世，这是神谷实在七三一部队时的照片。
第二组 加害者的谢罪
部分参与细菌战的老兵站出来揭露七三一部队进行细菌武器研制、人体实验和日本宪兵队实施特别移送的罪行外，还向中国人民和特别移送受害者家属表示了谢罪。
1943年10月，三尾丰在大连将国际情报组织成员王耀轩、王东升、李忠善、沈德龙移送到七三一部队，四人后来被作为人体实验材料而杀害。战后，他向王耀轩之子王亦兵表示谢罪。
1995年，也就是20年前，哈尔滨举办了一次座谈会，王耀轩的儿子王亦兵应邀参加，三尾丰也从日本赶来参加了这次会议。他当面向王亦兵谢罪。他说：“是我任大连宪兵队曹长时，曾亲赴天津把令尊大人与堂兄逮捕的。由于我的罪行，造成了你们两家人的重大灾难。我有罪。我向您并向您的全家人谢罪。我不仅在审训令尊大人时动用了酷刑，更严重的是，我把他们送到了七三一部队，我犯下的罪行是不可饶恕的，我的罪恶和日本细菌战的恶魔石井四郎一样的深重。我再次向你们、向中国所有受害人的家属谢罪。我将终生保持谢罪的意识。我愿在日本国内揭露那段日本侵华历史的罪行，并为王先生的诉讼出庭作证。后来三尾丰真的在王亦兵对日诉讼时出庭作证。
